Ở nhân sơ (Prokaryote)

Ở sinh vật nhân sơ (prokaryote), vùng khởi động chứa hai đoạn trình tự ngắn tại vị trí -10 và -35 thượng nguồn của gene, nghĩa là phía trước gene theo chiều phiên mã. Trình tự tại -10 được gọi là Hộp Pribnow và thường chứa sáu nucleotide TATAAT. Hộp Pribnow là tối cần thiết để khởi động quá trình phiên mã ở prokaryote. Ngoài ra, trình tự -35 thường chứa 6 nucleotde là TTGACA cho phép gene được phiên mã với tần số cao.

<-- upstream downstream -->

5'-XXXXXXXPPPPPXXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3'           -35       -10       Gene to be transcribed

• Tần số xuất hiện nucleotide ở mỗi vị trí
  • Vị trí -10

 T    A    T    A    A    T77%  76%  60%  61%  56%  82%

• • Vị trí -35

 T    T    G    A    C    A69%  79%  61%  56%  54%  54%

Ở nhân thực (Eukaryote)

Vùng khởi động (promoter) của sinh vật nhân thực (eukaryote) thường rất đa hình và khó xác định. Chúng thường nằm ở thượng nguồn của gene và có thể có các yếu tố điều hòa nằm cách điểm khởi đầu phiên mã vài kilobase. Ngoài ra, phức hệ phiên mã cũng có thể uốn cong phân tử DNA tạo điều kiện đưa các vùng điều khiển ở xa tiến lại trong không gian. Nhiều vùng khởi động của eukaryote (không phải tất cả) chứa hộp TATA liên kết với Protein bám hộp TATA có chức năng hỗ trợ việc hình thành phức hệ phiên mã của RNA polymerase. Hộp TATA thường nằm khá gần vị trí khởi đầu phiên mã (trong khoảng 50 base).

Trình tự điều hòa vùng khởi động của eukaryote thường liên kết với các protein gọi là nhân tố phiên mã. Những protein này tham gia vào việc tạo thành phức hệ phiên mã. Ví dụ hộp E (trình tự CACGTG), liên kết với nhân tố phiên mã trong họ protein xoắn vòng xoắn kiềm (bHLH) (vd. BMAL1-Clock, cMyc).

Xem thêm Michael Levine and Robert Tjian. "Transcription regulation and animal diversity". Nature 424, 147 - 151 (10 July 2003)